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Defined Under Namespace

Modules: GeneAssembler Classes: BlastTypeParser, Contig, Dataset, ExoBlastQuery, ExonerateResult, Feature, GO, GffContig, GffFrameshift, GffGo, GffHit, GffHsp, GffSNP, GffStop, Gff_dataset, Gff_parser, Hit, Hsp, Localization, Master_feature, Parser, ParserBlast, ParserExonerate, Rebuild, Report, ReportGff, SNP

Instance Method Summary collapse

Instance Method Details

#cluster_filter(gene_array, cluster, length) ⇒ Object

Elimina contigs de cluster y gene_array que tengan etiqueta de stop y solo tengan un hsp



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 161

def cluster_filter(gene_array,cluster,length)# Elimina contigs de cluster y gene_array que tengan etiqueta de stop y solo tengan un hsp
	cluster.each_with_index do |contig,i|
		if contig.completed=='stop' 
			if contig.hits.first.hsps.last.s_end-contig.hits.first.hsps.last.s_beg<length && contig.hits.first.hsps.count==1
				cluster[i]=nil
				gene_array[i]=nil
			end
		end
	end
	cluster.compact!
	gene_array.compact!
	return gene_array,cluster
end

#coord_prot(last_contig_hsp, current_contig_hsp) ⇒ Object

Devuelve la diferencia de posicion de dos contigs dados en base a su posicion en la proteina



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 175

def coord_prot(last_contig_hsp, current_contig_hsp) #Devuelve la diferencia de posicion de dos contigs dados en base a su posicion en la proteina
	add=last_contig_hsp.q_beg-current_contig_hsp.q_beg+3*(current_contig_hsp.s_beg-last_contig_hsp.s_beg) #primera parte del sumando representa la diferencia debida a la longitud de los contigs, la segunda parte representa la diferencia de tamaño del hsp
	return add
end

#fasta_hash(path) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 180

def fasta_hash(path)
  parse_seqs=FastaFile.new(path)
  seqs={}
  parse_seqs.each do |contig,seq_fasta|
    seqs[contig]=seq_fasta
  end
  return seqs
end

#html_footer(file) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 199

def html_footer(file)
  file.puts '</body>',
            '</html>'
end

#html_header(file, title) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 189

def html_header(file,title)
  file.puts '<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">',
            '<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">',
            '<head>',
            '<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=UTF-8" />',
            '<title>'+title+'</title>',
            '</head>',
            '<body>'
end

#html_link(text, link) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 221

def html_link(text, link)
	text_linked='<a href="'+link+'">'+text.to_s+'</a>'
	return text_linked
end

#html_row(file, cells) ⇒ Object

Cells muts be a array



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 213

def html_row(file, cells) #Cells muts be a array
	file.puts '<tr>'
	cells.each do |cell|
		file.puts "<td>#{cell}</td>"
	end
	file.puts '</tr>'
end

#html_table_footer(file) ⇒ Object 



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 226

def html_table_footer(file)
  file.puts '</table>'
end

#html_table_header(file, border, headers) ⇒ Object

headers es un array



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 204

def html_table_header(file, border, headers) #headers es un array
  file.puts '<table border="'+border.to_s+'">',
            '<tr>'
  headers.each do |header|
    file.puts '<th>'+header+'</th>'
  end                    
  file.puts '</tr>'
end

#length2D(array) ⇒ Object

Devuelve la longitud maxima que tenga un conjunto de arrays



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 77

def length2D(array) # Devuelve la longitud maxima que tenga un conjunto de arrays
	length=0
	array.each do |item|
		item_length=item.length
		if item_length>length
			length=item_length
		end
	end
	return length
end

#mapping(contigs, gene_array, map_path) ⇒ Object

Relaciona un archivo sam con un contig, cuantifica nº lecturas por exon



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 3

def mapping(contigs,gene_array,map_path) #Relaciona un archivo sam con un contig, cuantifica nº lecturas por exon
	# Mapping
	#--------------------------------------------------------------
	contigs.each do |contig|
		ruta=File.join(map_path,"#{contig.name}.sam")
			 
		# Parse mapping & exon valoration
		#--------------------------------------------------------------
		seq_map=[]
		n_reads=0
		if File.exists?(ruta)
			contig.length.times do |x|
				seq_map  <<  0	
			end
			map_file=File.open(File.join(ruta), 'r')
			map_file.each do |line|
				fields=line.split
				if fields[0]!~/[@]/
					n_reads+=1
					#puts "#{fields[3]}\t#{fields[5]}"
					start_map=fields[3].to_i-1
				  end_map=start_map-1
					fields[5].split(/[^\d]/).each{|e| end_map+=e.to_i}
					#puts "#{start_map}\t#{end_map}"
					#puts seq_map[start_map..end_map].inspect
					seq_map.each_with_index do |item,a|
						if a>=start_map
							seq_map[a]+=1
						end
						if a>end_map
							break
						end
					end
				end
			end
			#puts seq_map.inspect

			# Exon valoration
			#-----------------------------------------------------------
			exon_stadistic=[]
			contig.hits.first.hsps.each do |hsp|
				exon=seq_map[hsp.q_beg-1..hsp.q_end-1]
				value=0
				exon.each{|e| value+=e}
				exon_stadistic << (value*100.0/n_reads/exon.length).round(2)
			end
			#puts exon_stadistic.inspect
			y=contigs.index(contig)
			x=gene_array[y].index(1)
			exon_stadistic.each_with_index do |item,b|
				gene_array[y][x+b]=item
			end
			seq_map=[]	
		end
	end #end contigs.each

	if $verbose
		puts "\nGENE ARRAY - EXON VALUATED"
		gene_array.each_with_index do |fila,c|
			print "#{contigs[c].name.center(24)} "
			fila.each do |item|
				print "#{item.to_s}\t"
			end
			puts "\n"
		end
	end

	contigs.each do |contig|
		puts '...................'
		contig.indices
	end
	puts "\n"
end

#parse_contig_index(gene_array, contigs) ⇒ Object

Comprueba codones start- stop en contigs que contengan el primer o el ultimo exon



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 88

def parse_contig_index(gene_array,contigs) #Comprueba codones start- stop en contigs que contengan el primer o el ultimo exon
	exons_model=length2D(gene_array)
	gene_array.each_with_index do |contig,i|
		start=nil #Desconocido
		if contig.first >0 #Comprueba si el contig tiene el primer exon
			start=contigs[i].start_codon_search
		end
		stop=nil #desconocido
		#if contig.length==exons_model #Comprueba si el contig posee el ultimo exon
			stop=contigs[i].stop_codon_search
		#end
		if start==TRUE && stop==TRUE
			contigs[i].completed=TRUE
		elsif start==TRUE
			contigs[i].completed='start'
		elsif stop==TRUE
			contigs[i].completed='stop'
		else
			contigs[i].completed=FALSE
		end
	end
end

#sides_add(contigs, start, stop) ⇒ Object

Añade contigs con señal de stop-start si no existen en el array contigs



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 137

def sides_add(contigs,start,stop) #Añade contigs con señal de stop-start si no existen en el array contigs
	beg=TRUE
	ends=TRUE
	contigs.each do |contig|
		if contig.completed=='start'||contig.completed==TRUE
			beg=FALSE
		end
		if contig.completed=='stop'||contig.completed==TRUE
			ends=FALSE
		end		
	end
	if beg && !start.nil?
		b=[]
		b << start
		contigs=b.concat(contigs)
	end
	if ends && !stop.nil?
		e=[]
		e << stop
		contigs.concat(e)
	end
	return contigs
end

#sides_recovery(contigs) ⇒ Object

Toma de un conjunto de contigs un contig con señal de stop y un contig con señal de inicio



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# File 'lib/gene_assembler/other_functions.rb', line 111

def sides_recovery(contigs) # Toma de un conjunto de contigs un contig con señal de stop y un contig con señal de inicio
	start=nil
	stop=nil
	contigs.each do |contig|
		if contig.completed=='start'
			if start.nil?
				start=contig
			else
				if start.hits.first.hsps.first.score<contig.hits.first.hsps.first.score
					start=contig
				end
			end
		end
		if contig.completed=='stop'
			if stop.nil?
				stop=contig
			else
				if stop.hits.first.hsps.first.score<contig.hits.first.hsps.first.score
					stop=contig
				end
			end
		end
	end
	return start,stop
end