Method List

Classes Methods Files

Search:

#* Transform
#- Chem::Molecule
#SMILES Top Level Namespace
#[] Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggOrganism
[] Chem::KEGG
#[] Chem::KEGG::KeggReactionMapParser
#[] Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggPfam
#[] Chem::KEGG::KeggDirectory
#[]= Vector
#_reduce_none IupacParser
#_reduce_none SmilesParser
#_reduce_none LinucsParser
#a_no Chem::KEGG::KCFMolecule
#adjacencies Graph
#adjacent_index Chem::Molecule
#adjacent_to Graph
#analyze Chem::CDX::CDXString
#angle Chem::G98::G98Atom
#angle_atom Chem::G98::G98Atom
#ao Chem::G98::G98Atom
append_features Once
#assign_2d_geometry Chem::Molecule
#atom_id Chem::PdbDic::PdbDicAtom
#atom_id Chem::KEGG::KCFAtom
#atomic_number Chem::Atom
#atoms Chem::G98::GaussianResult
#atoms Chem::TINKER::TinkerMol
#atoms Chem::PdbDic::PdbDicMolecule
autodetect Chem
#b Chem::TINKER::TinkerBond
#b Chem::MSI::MSIAtom
#b Chem::Sybyl::SybylBond
#bit_length BitDatabase
#bit_mat Chem::Molecule
#bit_str Chem::BitMatrix
#bond Chem::SmilesAtom
#bond_id Chem::KEGG::KCFBond
#bond_type Chem::MDL::MDLBond
#bond_type Chem::Bond
#bonds Chem::TINKER::TinkerMol
#bonds Chem::PdbDic::PdbDicMolecule
#bottom Chem::CDX::CDXRectangle
#box_size Chem::Molecule
#breadth_first_search Chem::Molecule
#calc_bounding_box_size Chem::Molecule::EpsParameter
#canonical_ring Chem::Molecule
#cdk2atom Chem::Molecule
#cdk_BCUT Chem::Molecule
#cdk_CPSA Chem::Molecule
#cdk_RotatableBondsCount Chem::Molecule
#cdk_atom Chem::Atom
#cdk_atom Chem::CDK::CDKAtom
#cdk_calc_descriptor Chem::Molecule
#cdk_calc_descriptors Chem::Molecule
#cdk_find_all_rings Chem::Molecule
#cdk_fingerprint Chem::Molecule
#cdk_gasteiger_marsili_partial_charges Chem::Molecule
#cdk_generate_2D Chem::Molecule
#cdk_generate_randomly Chem::Molecule
#cdk_generate_vicinity Chem::Molecule
#cdk_hose_code Chem::Molecule
#cdk_hueckel Chem::Molecule
#cdk_mcs Chem::Molecule
#cdk_mol Chem::CDK::CDKMolecule
#cdk_mol Chem::Molecule
#cdk_properties Chem::Molecule
#cdk_rule_of_file Chem::Molecule
#cdk_save_as Chem::Molecule
#cdk_setup Chem::Molecule
#cdk_sssr Chem::Molecule
#cdk_wiener_numbers Chem::Molecule
#cdk_xlogp Chem::Molecule
cdx_create_object Chem::CDX::CDX
#cdxml_create_object Chem::CDX::CDX
#cdxml_open Chem::CDX::CDX
#charge Chem::SmilesAtom
#charge Chem::MDL::MDLAtom
#charge Chem::Atom
#charset Chem::CDX::CDXFontTable
#charset Chem::CDX::Font_class
#child Chem::MSI::MSIObject
#chiral Chem::SmilesAtom
#close Chem::CompoundDB
#close BitDatabase
#clustering_coefficient Graph
#color Chem::CDX::CDXStyle
#color Chem::Bond
#color Chem::Atom
#comment Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#composition Chem::Molecule
#compound_folder= Chem::KEGG::KeggFormat
#compounds Chem::KEGG::KCFCorrespondence
#compounds Chem::KEGG::KEGGReaction
#compounds Chem::ReactionSkeleton
#connected? Chem::Molecule
#connection Chem::TINKER::TinkerAtom
#construct Chem::TINKER::TinkerMol
#coord Chem::CDX::CDXCoordinate
#correspondence Chem::KEGG::KCFCorrespondence
#corresponds Chem::KEGG::KCFRXN
#count Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
data_dir Chem
#date_time Chem::MDL::MdlMolParser
#db_name Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
db_search Chem
#deep_dup Chem::Molecule
#default_link Chem::G98::Link
#definition Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#delete Chem::Molecule
#delete_bond Chem::Molecule
#density Chem::G98::G98Atom
#depth_first_search Chem::Molecule
#description Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
detect_file Chem::KCFRPairType
detect_file Chem::Type::RDFType
detect_file Chem::Type::MdlMolType
detect_file Chem::Type::KeggReactionMapType
detect_file Chem::Type::KeggReactionType
detect_file Chem::Type::KeggReactionLstType
detect_file Chem::Type::PDFType
detect_file Chem::Type::PNGType
detect_file Chem::Type::KCFGlycanType
detect_file Chem::Type::KCFType
detect_file Chem::Type::SybylType
detect_file Chem::Type::SdfType
detect_file Chem::Type::GDType
detect_file Chem::Type::MdlRxnType
detect_file Chem::Type::CdxType
detect_file Chem::Type::XyzType
detect_file Chem::Type::GSpanType
detect_file Chem::Type::KeggGlycanType
detect_type Chem::Type::KeggReactionType
detect_type Chem::Type::MdlMolType
detect_type Chem::Type::KCFType
detect_type Chem::KCFRPairType
detect_type Chem::Type::GSpanType
detect_type Chem::Type::MdlRxnType
detect_type Chem::Type::PDFType
detect_type Chem::Type::SdfType
detect_type Chem::Type::PNGType
detect_type Chem::Type::RDFType
detect_type Chem::Type::KeggReactionMapType
detect_type Chem::Type::KeggReactionLstType
detect_type Chem::Type::SybylType
detect_type Chem::Type::KeggGlycanType
detect_type Chem::Type::GDType
detect_type Chem::Type::XyzType
detect_type Chem::Type::CdxType
detect_type Chem::Type::KCFGlycanType
#diff Chem::Molecule::EpsParameter
#dihedral Chem::G98::G98Atom
#dihedral_angle_atom Chem::G98::G98Atom
#dihedral_angle_b Chem::G98::G98Atom
#diheral_angle_a Chem::G98::G98Atom
#dimensional_codes Chem::MDL::MdlMolParser
#dipole_moment_total Chem::G98::GaussianResult
#dir Chem::KEGG::KeggDirectory
#direction Chem::KEGG::KEGGReaction
#distance Chem::G98::G98Atom
#distance_atom Chem::G98::G98Atom
#distance_length Chem::G98::G98Atom
#divide Chem::Molecule
#draw Chem::RMagickWriter
#draw Chem::GDWriter
#draw_body Chem::Writer
#e Chem::Sybyl::SybylBond
#e Chem::MSI::MSIAtom
#e Chem::TINKER::TinkerBond
#each Chem::KEGG::KeggReaction
#each Chem::KEGG::KeggReactionParser
each Chem::PdbDic
#each Chem::KEGG::KeggReactionMapParser
#each Chem::KEGG::KeggGlycanParser
#each Chem::MDL::SdfParser
#each Chem::KEGG::KeggReactionLstParser
#each Chem::CDX::CDX
#each Graph
#each_ao Chem::G98::G98Atom
#each_ao Chem::G98::MolecularOrbital
#each_entry Chem::KEGG::KeggFormat
#ec Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#ec_number Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggGene
#ecs Chem::KEGG::KEGGReaction
#edges Chem::CDK::CDKMolecule
#edges Chem::MDL::MdlMolecule
#edges Chem::SmilesMol
#edges Graph
#edges Chem::MDL::MdlReaction
#edges Chem::OpsinMolecule
#eigen_value Chem::G98::MolecularOrbital
#electro_negativity Chem::Atom
#electronic_spatial_extent Chem::G98::GaussianResult
#element Chem::TINKER::TinkerAtom
#element Chem::Sybyl::SybylAtom
#element Chem::CDK::CDKAtom
#element Chem::MDL::MDLAtom
#element Chem::MDL::RxnAtom
#element Chem::SmilesAtom
#element Chem::KEGG::KCFAtom
#element Chem::Atom
#element Chem::G98::G98Atom
#energy Chem::G98::GaussianResult
#entropy Chem::G98::GaussianResult
#entropy_rotate Chem::G98::GaussianResult
#entropy_trans Chem::G98::GaussianResult
#entry Chem::KEGG::KEGGReaction
#entry Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#entry Chem::KEGG::KeggGlycan
#entry Chem::MDL::MdlMolParser
#entry Chem::KEGG::KeggCompound
#entry Chem::KEGG::KeggEc
#eof? Chem::G98::Lines
#exact_charge Chem::MDL::MDLAtom
#exec Chem::TinkerNucleic
#exist_condensed_to_atom Chem::G98::GaussianResult
#f_dfs Chem::Molecule
#face Chem::CDX::CDXStyle
#fbox Chem::Writer
fetch Chem::NCBI::PCFetch
fetch_all Chem::NCBI::EFetch
#filename Chem::MDL::MdlReaction
#filename Chem::MDL::MdlMolParser
#fill Chem::RMagickWriter
#fill Chem::PDFWriter
#fill Chem::GDWriter
#find_smallest_ring Chem::Molecule
#find_sssr Chem::Molecule
#fingerprint Chem::Molecule
#fit_box Chem::Molecule::EpsParameter
#font Chem::CDX::CDXStyle
#font_id Chem::CDX::Font_class
#gene Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggGene
#gene_to_pfam Chem::KEGG::KeggDirectory
#generate_pubchem_subskey Chem::Molecule
get Chem::NCBI::ESummary
#get_distance Chem::G98::G98Atom
#get_ec_number Chem::KEGG::KeggDirectory
#get_organism Chem::KEGG::KeggDirectory
get_parsed Chem::NCBI::ESummary
#get_umap_list Chem::OpenBabel::OBSmarts
#goto Chem::G98::Link
#guess Chem::G98::GaussianResult
#h0_designator Chem::MDL::MDLAtom
#has_cartessian_coordinate Chem::G98::GaussianResult
#has_matrix Chem::BitMatrix
#has_z_matrix_coordinate Chem::G98::GaussianResult
#heavy_charge Chem::G98::G98Atom
#height Chem::Molecule::EpsParameter
#height Chem::BitMatrix
#hilight Chem::Molecule
#homo Chem::G98::GaussianResult
#http_get Chem::NetUtils
#hydrogen_count Chem::SmilesAtom
#hydrogen_count Chem::MDL::MDLAtom
#include? Chem::G98::GaussianResult
#index Chem::G98::G98Atom
#index Chem::G98::MolecularOrbital
#induced_sub Chem::Molecule
#initialize Chem::KEGG::KCFGlycan
#initialize Chem::SMBL::SMBLReaction
#initialize Chem::Molecule::EpsParameter
#initialize Chem::KEGG::KeggReactionParser
#initialize Chem::TINKER::TinkerReader
#initialize Chem::CDK::CDKBond
#initialize Chem::KEGG::KeggCompound
#initialize Chem::KEGG::KCFRXN
#initialize Chem::G98::G98Atom
#initialize BitDatabase
#initialize Chem::G98::AtomicOrbital
#initialize Chem::G98::MolecularOrbital
#initialize Chem::G98::Link
#initialize Chem::KEGG::KCFAtom
#initialize Chem::KEGG::KCFBond
#initialize Chem::PdbDic
#initialize Chem::PdbDic::PdbDicAtom
#initialize Chem::GSpanAtom
#initialize Chem::SmilesMol
#initialize Chem::G98::GaussianResult
#initialize Chem::KEGG::KCF
#initialize Chem::TINKER::TinkerMol
#initialize Chem::KEGG::KeggReaction
#initialize Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#initialize Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
#initialize Chem::KEGG::KeggGlycanParser
#initialize Chem::Sybyl::SybylBond
#initialize Chem::MSI::MSIReader
#initialize Chem::G98::Lines
#initialize Chem::OpsinMolecule
#initialize Transform
#initialize Chem::Mopac7::MopacReader
#initialize Chem::CMLBond
#initialize Chem::CMLMolecule
#initialize Chem::CMLAtom
#initialize Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggGene
#initialize Chem::CDX::CDX
#initialize Chem::PdbDic::PdbDicMolecule
#initialize Chem::KEGG::KeggReactionLstParser
#initialize Chem::CDK::CDKMolecule
#initialize Chem::SMBL::Specie
#initialize Chem::Writer
#initialize Chem::RMagickWriter
#initialize Chem::CDX::CDXObject
#initialize Chem::CDX::Float64
#initialize Chem::Sybyl::SybylMolecule
#initialize Chem::CDX::Uint8
#initialize Chem::SWFWriter
#initialize Chem::CDX::Uint16
#initialize Chem::ReactionSkeleton
#initialize Chem::TINKER::TinkerBond
#initialize Chem::CDX::Uint32
#initialize Chem::CDX::Int8
#initialize Chem::CDX::Int32
#initialize Chem::KEGG::KeggReactionMapParser
#initialize Chem::CDX::Unformatted
#initialize Chem::OpenBabel::OBSmarts
#initialize Chem::CDX::CDXFontStyle
#initialize Chem::SMBL::Model
#initialize Chem::CDX::CDXString
#initialize Chem::KCF::RPairMolecule
#initialize Chem::CDX::CDXObjectIDArray
#initialize Chem::CDX::CDXObjectID
#initialize Chem::CDX::CDXFontTable
#initialize Chem::GSpanMolecule
#initialize Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggOrganism
#initialize Chem::MSI::MSIObject
#initialize Chem::CDX::CDXColorTable
#initialize Chem::CDX::CDXBooleanImplied
#initialize Chem::CDX::CDXRectangle
#initialize Chem::CDX::CDXPoint2D
#initialize Chem::CDX::CDXBoolean
#initialize Chem::GSpanBond
#initialize Chem::XYZ::XyzMolecule
#initialize Chem::KEGG::KEGGReaction
#initialize Chem::CDX::Int16
#initialize Chem::CDX::CDXCoordinate
#initialize Chem::GDWriter
#initialize Chem::CompoundDB
#initialize Chem::TinkerNucleic
#initialize Chem::KEGG::EC
#initialize Chem::MDL::SdfParser
#initialize Chem::MDL::MdlReaction
#initialize Chem::MDL::RDFParser
#initialize Chem::KEGG::KeggDirectory
#initialize Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggPfam
#initialize Chem::CDK::CDKAtom
#initialize Chem::NCBI::EFetch
#initialize Chem::MDL::MDLAtom
#initialize Chem::TINKER::TinkerAtom
#initialize Chem::BitMatrix
#initialize Chem::Sybyl::SybylAtom
#initialize Chem::MDL::MdlMolecule
#initialize Chem::PDFWriter
#initialize Chem::MDL::MDLBond
#initialize Chem::PDB::PDBMolecule
#initialize Chem::KEGG::KCFRXN::RXNNode
#initialize Chem::KEGG::KCFCorrespondence
#initialize Chem::OpenBabel::OBMolecule
#inspect Chem::SmilesAtom
inverse_x Transform
inverse_y Transform
inverse_z Transform
#inversion Chem::MDL::MDLAtom
#io Chem::TinkerNucleic
#is_aromatic Chem::SmilesAtom
#is_valid_casrn? String
#join Chem::SmilesMol
#jump_link Chem::G98::Link
#kcf_line Chem::KEGG::Bond
#kcf_line Chem::KEGG::Atom
#kcf_prop Chem::KEGG::Atom
#kcf_prop Chem::KEGG::Bond
#kcf_type Chem::KEGG::KCFAtom
#kcf_type Chem::KEGG::Atom
#kegg= Chem::KEGG::KEGGReaction
kegg_compound_folder Chem::KEGG
kegg_compound_folder= Chem::KEGG
#label Chem::Atom
#last_update Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
#left Chem::CDX::CDXRectangle
#length Chem::CDX::Font_class
#line Chem::GDWriter
#line Chem::RMagickWriter
#line Chem::PDFWriter
load Chem::Db
load_as Chem::OpenBabel
load_sdf Chem::OpenBabel
#lumo Chem::G98::GaussianResult
#major_number Chem::G98::Link
#make_SPN Chem::SMBL
#make_atom Chem::SWFWriter
#make_bond Chem::SWFWriter
#make_nucleic Top Level Namespace
#make_p Chem::CDX::CDX
#make_rxn Chem::KEGG::KCFCorrespondence
#map_formula Chem::KEGG::KEGGReaction
#map_formula Chem::KEGG::KeggDirectory
#mapping Chem::MDL::MDLAtom
#margin Chem::Molecule::EpsParameter
#mass Chem::Atom
#mass_difference Chem::MDL::MDLAtom
#match Chem::Molecule
#match Chem::OpenBabel::OBSmarts
#match_by_ullmann Chem::Molecule
match_by_ullmann Chem
#menu_name Chem::NCBI::EInfo::DbInfo
#method_missing Chem::Molecule
#method_missing Chem::Atom
#method_missing Chem::MDL::RxnAtom
#min Chem::Molecule::EpsParameter
#minor_number Chem::G98::Link
#mo Chem::G98::GaussianResult
#model Chem::MSI::MSIReader
#mol Chem::TINKER::TinkerReader
#mol_name Chem::MDL::MdlMolParser
#molecular_weight Chem::Molecule
#mols Chem::PdbDic
#mols Bio::PDB
#moment Chem::G98::GaussianResult
#morgan Graph
#n_atoms Chem::G98::GaussianResult
#n_atoms Chem::Sybyl::SybylMolecule
#n_bonds Chem::Sybyl::SybylMolecule
#n_bytes Chem::BitMatrix
#n_electron Chem::G98::GaussianResult
#n_hydrogen Chem::Molecule
#n_orbitals Chem::G98::GaussianResult
#name Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#name Chem::CDX::Font_class
#name Chem::CDX::CDXObject
#name Chem::SMBL::SMBLReaction
#name Chem::KEGG::KEGGReaction
#name Chem::Molecule
#name Chem::SMBL::Specie
#name Chem::KEGG::KeggGlycan
#natural_bond_order Chem::Atom
#near Chem::G98::GaussianResult
#neighbor Chem::PdbDic::PdbDicAtom
#neighbor? Chem::G98::G98Atom
#next_atom Chem::KEGG::KCFAtom
#next_line Chem::G98::Lines
#next_link Chem::G98::Link
#node_id Chem::CMLAtom
#nodes Chem::MDL::MdlMolecule
#nodes Chem::CDK::CDKMolecule
#nodes Chem::OpenBabel::OBMolecule
#nodes Graph
#nodes Chem::MDL::MdlReaction
#nodes Chem::OpsinMolecule
#nodes Chem::SmilesMol
#now Chem::G98::Lines
#nuclear_repulsion_energy Chem::G98::GaussianResult
#num Chem::CDX::Float64
#num Chem::CDX::Uint8
#num Chem::CDX::Uint16
#num Chem::CDX::Int32
#num Chem::CDX::Uint32
#num Chem::CDX::Int16
#num Chem::CDX::Int8
#number Chem::MDL::MDLAtom
#number Chem::KEGG::KeggEc
#ob_atom Chem::Atom
#ob_export_as Chem::Molecule
#ob_mol Chem::OpenBabel::OBMolecule
#ob_mol Chem::Molecule
#ob_save_as Chem::Molecule
#object_id Chem::CDX::CDXObject
#objects Chem::CDX::CDX
#objects Chem::CDX::CDXObject
#once Once::ClassMethods
open BitDatabase
open Chem::MSI::MSIReader
#open Chem::MDL::MdlMolParser
open Chem::KEGG::KCFMolecule
open Chem::KEGG::KCFReader
open Chem::KEGG::KCF
open Chem::KEGG::KeggReaction
open Chem::KEGG::ANumber
#open Chem::CDX::CDX
open Chem::CDX::CDX
open Chem::PdbDic
open_kegg Chem
open_mol Chem
open_out Chem::Mopac7::MopacReader
#open_rxn Chem::MDL::MdlReaction
#open_xyz Chem::XYZ::XyzMolecule
opsin_parse Chem
#organism Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggGene
#orig_pt Chem::Molecule::EpsParameter
#oxidation_number Chem::Molecule
#parameter_to_s Chem::G98::Link
#parameters Chem::G98::Link
#parent Chem::MSI::MSIObject
#parent Chem::CDX::CDXObject
parse Chem::GSpan
parse Chem::Type::KeggGlycanType
parse Chem::MDL::SdfParser
parse Chem::Type::KCFType
parse Chem::MDL::MdlMolecule
#parse Chem::MDL::MdlMolParser
parse Chem::Type::KeggReactionType
parse Chem::Type::MdlRxnType
parse Chem::KCFRPairType
#parse Chem::KEGG::KCFCorrespondence
parse Chem::Type::SdfType
parse Chem::Type::PDFType
#parse Chem::PdbDic
parse Chem::Type::KeggReactionLstType
parse Chem::Type::XyzType
parse Chem::Type::RDFType
parse Chem::Type::KeggReactionMapType
parse Chem::Type::PNGType
parse Chem::Type::SybylType
parse Chem::Type::GDType
parse Chem::Type::CdxType
parse Chem::Type::KCFGlycanType
parse Chem::Type::MdlMolType
parse Chem::Type::GSpanType
parse_compound_file Chem::KEGG
#parse_compounds Chem::KEGG::KeggReactionParser
parse_gspan Chem
parse_io Chem::MDL::MdlMolecule
parse_line Chem::GSpanAtom
parse_mdl Chem::CDK
#parse_reaction_map_formula Chem::KEGG::KeggDirectory
parse_smarts Chem::OpenBabel
parse_smiles Chem::OpenBabel
parse_smiles Chem
parse_smiles Chem::CDK
#pathway Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#pfam Chem::KEGG::KeggDirectory::KeggOrganism
#platform Chem::CDX::CDXFontTable
#pool Chem::CDX::CDX
#pos Record::HETATM
#pos Chem::Transform::TwoDimension
#proceed Chem::G98::Lines
#process Chem::G98::Link
#process_link_line Chem::G98::GaussianResult
#product Chem::MDL::RxnBond
#product= Chem::MDL::RxnAtom
#product_edge Chem::KEGG::KCFRXN::RXNEdge
#product_node Chem::KEGG::KCFRXN::RXNNode
#products Chem::SMBL::SMBLReaction
#products Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#program_name Chem::MDL::MdlMolParser
#prop Chem::MSI::MSIObject
#prop Chem::CDX::CDXObject
#properties Chem::CDX::CDXObject
#property Chem::KEGG::KCFBond
#pubchem_subskeys Chem::Molecule
#push Chem::G98::MolecularOrbital
#push Chem::G98::AtomicOrbital
#push BitDatabase
#push Chem::CDX::CDXColorTable
#push_font Chem::CDX::CDXFontTable
#push_mol Chem::CDX::CDX
#push_string Chem::CDX::CDXString
#push_style Chem::CDX::CDXString
#puts_links Chem::G98::GaussianResult
#q Chem::TINKER::TinkerBond
query Chem::NCBI::EInfo
#reactant Chem::MDL::RxnBond
#reactant= Chem::MDL::RxnAtom
#reactant_edge Chem::KEGG::KCFRXN::RXNEdge
#reactant_node Chem::KEGG::KCFRXN::RXNNode
#reactants Chem::SMBL::SMBLReaction
#reactants Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
#reacting_center Chem::MDL::MDLBond
#reactions Chem::SMBL::Model
#read Chem::MSI::MSIReader
#read Chem::KEGG::KCFMolecule
#read Chem::KEGG::KCFReader
#read_link Chem::G98::GaussianResult
#recurse_cdxml Chem::CDX::CDX
#remove_hydrogens! Chem::Molecule
#result Chem::TinkerNucleic
#right Chem::CDX::CDXRectangle
#rings Chem::Atom
#rotate Chem::SWFWriter
rotate_x Transform
rotate_y Transform
rotate_z Transform
#rpair Chem::KEGG::KeggReaction::ReactionEntry
save Chem::GSpan
#save Chem::SWFWriter
#save Chem::PDFWriter
save Chem::Type::SybylType
save Chem::Type::PNGType
save Chem::RMagickWriter
save Chem::Type::GDType
save Chem::GDWriter
#save Chem::Molecule
save Chem
save Chem::Type::MdlMolType
save Chem::Type::GSpanType
save Chem::Type::PDFType
#save_as_mdl Chem::Molecule
#save_as_pdf Chem::Molecule
scale Transform
#scrf_delta_g Chem::G98::GaussianResult
#sdf_data Chem::MDL::MdlMolecule
search Chem::NCBI::ESearch
search_net Chem
#set Chem::BitMatrix
#set_compounds Chem::KEGG
#set_connection Chem::PDB::PDBMolecule
#set_element Chem::PdbDic::PdbDicAtom
#set_id Chem::CDX::CDX
#setup_bonds Chem::KEGG::KCFRXN
#setup_nodes_and_edges Chem::CDK::CDKMolecule
#size Chem::CDX::CDXStyle
#smiles_pos Chem::SmilesAtom
#source Chem::Molecule
#species Chem::SMBL::Model
#standard_basis Chem::G98::GaussianResult
#stereo Chem::MDL::MDLBond
#stereo Chem::Bond
#stereo_care_box Chem::MDL::MDLAtom
#stereo_parity Chem::MDL::MDLAtom
#stoichiometry Chem::G98::GaussianResult
#stop Chem::G98::Link
#store Chem::CompoundDB
#string Chem::CDX::CDXString
#subset_in_composition? Chem::Molecule
#sum_of_mulliken_charge Chem::G98::GaussianResult
#symmetricity Chem::G98::GaussianResult
#tag Chem::CDX::CDXObject
#terminal_nodes Graph
#text Chem::PDFWriter
#text Chem::RMagickWriter
#text Chem::GDWriter
#to_256 Chem::Writer
#to_bin Chem::CDX::CDX
#to_bin Chem::CDX::CDXObject
#to_bin Chem::CDX::Int16
#to_bin Chem::CDX::Int32
#to_bin Chem::CDX::Uint32
#to_bin Chem::CDX::Uint16
#to_bin Chem::CDX::Int8
#to_bin Chem::CDX::CDXFontStyle
#to_bin Chem::CDX::CDXString
#to_bin Chem::CDX::Unformatted
#to_bin Chem::CDX::CDXObjectID
#to_bin Chem::CDX::CDXObjectIDArray
#to_bin Chem::CDX::CDXFontTable
#to_bin Chem::CDX::CDXColorTable
#to_bin Chem::CDX::CDXBoolean
#to_bin Chem::CDX::CDXBooleanImplied
#to_bin Chem::CDX::CDXRectangle
#to_bin Chem::CDX::CDXPoint2D
#to_bin Chem::CDX::CDXCoordinate
#to_bit_positions Integer
#to_cansmi Chem::Molecule
#to_cartessian_coodinate Chem::G98::G98Atom
#to_condensed_density Chem::G98::G98Atom
#to_eps Chem::Molecule
#to_i Chem::CDX::Int16
#to_inchi Chem::Molecule
#to_mdl Chem::Atom
#to_mdl Chem::Bond
#to_mol Chem::G98::G98Atom
#to_s Chem::G98::G98Atom
#to_s Chem::G98::AtomicOrbital
#to_s Chem::G98::MolecularOrbital
#to_s Chem::G98::Link
#to_s Chem::CDX::CDXString
#to_s Chem::CDX::CDXColorTable
#to_s Chem::BitMatrix
#to_sybyl Chem::Atom
#to_sybyl Chem::Molecule
#to_xml Chem::CDX::CDX
#to_xml Chem::CDX::CDXObject
#to_xml Chem::CDX::Uint8
#to_xml Chem::CDX::Int16
#to_xml Chem::CDX::Float64
#to_xml Chem::CDX::Int32
#to_xml Chem::CDX::Uint16
#to_xml Chem::CDX::Uint32
#to_xml Chem::CDX::Int8
#to_xml Chem::CDX::Unformatted
#to_xml Chem::CDX::CDXString
#to_xml Chem::CDX::CDXObjectID
#to_xml Chem::CDX::CDXObjectIDArray
#to_xml Chem::CDX::CDXFontTable
#to_xml Chem::CDX::CDXBooleanImplied
#to_xml Chem::CDX::CDXBoolean
#to_xml Chem::CDX::CDXRectangle
#to_xml Chem::CDX::CDXPoint2D
#to_xml Chem::CDX::CDXColorTable
#to_xml Chem::CDX::CDXCoordinate
#to_xyz Chem::G98::GaussianResult
#to_xyz Chem::G98::G98Atom
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