Documentation for chemruby (1.1.9)

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README

Namespace Listing A-Z

Top Level Namespace

A

ANumber (Chem::KEGG)
Atom (Chem)
Atom (Chem::KEGG)
AtomicOrbital (Chem::G98)

B

Bio
BitDatabase
BitMatrix (Chem)
Bond (Chem)
Bond (Chem::KEGG)

C

D

Db (Chem)
DbInfo (Chem::NCBI::EInfo)

E

EC (Chem::KEGG)
EFetch (Chem::NCBI)
EInfo (Chem::NCBI)
ESearch (Chem::NCBI)
ESummary (Chem::NCBI)
EpsParameter (Chem::Molecule)

F

Float64 (Chem::CDX)
Font_class (Chem::CDX)

G

G98 (Chem)
G98Atom (Chem::G98)
GDType (Chem::Type)
GDWriter (Chem)
GSpan (Chem)
GSpanAtom (Chem)
GSpanBond (Chem)
GSpanMolecule (Chem)
GSpanType (Chem::Type)
GaussianResult (Chem::G98)
Graph

H

HETATM (Record)

I

INT16ListWithCounts (Chem::CDX)
Int16 (Chem::CDX)
Int32 (Chem::CDX)
Int8 (Chem::CDX)
Integer
IupacParser

K

KCF (Chem::KEGG)
KCF (Chem)
KCFAtom (Chem::KEGG)
KCFBond (Chem::KEGG)
KCFCorrespondence (Chem::KEGG)
KCFGlycan (Chem::KEGG)
KCFGlycanType (Chem::Type)
KCFMolecule (Chem::KEGG)
KCFRPairType (Chem)
KCFRXN (Chem::KEGG)
KCFReader (Chem::KEGG)
KCFType (Chem::Type)
KEGG (Chem)
KEGGException (Chem)
KEGGReaction (Chem::KEGG)
KeggCompound (Chem::KEGG)
KeggDirectory (Chem::KEGG)
KeggEc (Chem::KEGG)
KeggFormat (Chem::KEGG)
KeggGene (Chem::KEGG::KeggDirectory)
KeggGlycan (Chem::KEGG)
KeggGlycanParser (Chem::KEGG)
KeggGlycanType (Chem::Type)
KeggOrganism (Chem::KEGG::KeggDirectory)
KeggPfam (Chem::KEGG::KeggDirectory)
KeggReaction (Chem::KEGG)
KeggReactionLstParser (Chem::KEGG)
KeggReactionLstType (Chem::Type)
KeggReactionMapParser (Chem::KEGG)
KeggReactionMapType (Chem::Type)
KeggReactionParser (Chem::KEGG)
KeggReactionType (Chem::Type)

L

Lines (Chem::G98)
Link (Chem::G98)
LinucsParser

M

MDL (Chem)
MDLAtom (Chem::MDL)
MDLBond (Chem::MDL)
MSI (Chem)
MSIAtom (Chem::MSI)
MSIBond (Chem::MSI)
MSIFile (Chem::MSI)
MSIObject (Chem::MSI)
MSIReader (Chem::MSI)
MdlMolParser (Chem::MDL)
MdlMolType (Chem::Type)
MdlMolecule (Chem::MDL)
MdlReaction (Chem::MDL)
MdlRxnType (Chem::Type)
Model (Chem::SMBL)
Model (Chem::MSI)
MolecularOrbital (Chem::G98)
Molecule (Chem)
Mopac7 (Chem)
MopacReader (Chem::Mopac7)

N

NCBI (Chem)
NetUtils (Chem)

O

OBAtom (Chem::OpenBabel)
OBMolecule (Chem::OpenBabel)
OBSmarts (Chem::OpenBabel)
Once
OpenBabel (Chem)
OpsinMolecule (Chem)

P

PCFetch (Chem::NCBI)
PDB (Bio)
PDB (Chem)
PDBBond (Chem::PDB)
PDBMolecule (Chem::PDB)
PDFType (Chem::Type)
PDFWriter (Chem)
PNGType (Chem::Type)
PdbDic (Chem)
PdbDicAtom (Chem::PdbDic)
PdbDicBond (Chem::PdbDic)
PdbDicMolecule (Chem::PdbDic)

R

RDFParser (Chem::MDL)
RDFType (Chem::Type)
RMagickWriter (Chem)
RPairMolecule (Chem::KCF)
RXNEdge (Chem::KEGG::KCFRXN)
RXNNode (Chem::KEGG::KCFRXN)
Reaction (Chem::KEGG)
Reaction (Chem)
ReactionEntry (Chem::KEGG::KeggReaction)
ReactionList (Chem::KEGG)
ReactionSkeleton (Chem)
Ring (Chem)
RxnAtom (Chem::MDL)
RxnBond (Chem::MDL)

S

SMBL (Chem)
SMBLReaction (Chem::SMBL)
SWFWriter (Chem)
SdfParser (Chem::MDL)
SdfType (Chem::Type)
SkeletonAtom (Chem)
SmilesAtom (Chem)
SmilesBond (Chem)
SmilesMol (Chem)
SmilesParser
Specie (Chem::SMBL)
String
Sybyl (Chem)
SybylAtom (Chem::Sybyl)
SybylBond (Chem::Sybyl)
SybylMolecule (Chem::Sybyl)
SybylType (Chem::Type)

T

TINKER (Chem)
ThreeDimension (Chem::Transform)
TinkerAtom (Chem::TINKER)
TinkerBond (Chem::TINKER)
TinkerMol (Chem::TINKER)
TinkerNucleic (Chem)
TinkerReader (Chem::TINKER)
Transform
Transform (Chem)
TwoDimension (Chem::Transform)
Type (Chem)

U

Uint16 (Chem::CDX)
Uint32 (Chem::CDX)
Uint8 (Chem::CDX)
Unformatted (Chem::CDX)

V

Vector

W

Writer (Chem)

X

XYZ (Chem)
XyzAtom (Chem::XYZ)
XyzMolecule (Chem::XYZ)
XyzType (Chem::Type)